随着战局的扩大，战线的延长和长期战争的消耗，日军的财力、物力、兵力严重不足，已无力再发动大规模的战略进攻。敌后游击战争的发展和抗日根据地的扩大，使日军在其占领区内只能控制主要交通线和一些大城市，广大农村均控制在以八路军、新四军为主的中国军队手中。1938年9月，中国共产党召开了六届六中全会，毛泽东提出了中国共产党在民族战争中的地位问题，批判和克服了王明的右倾机会主义路线，坚持了独立自主的原则，保证了抗日战争的胜利进行。在此阶段，日本的侵华方针有了重大变化：逐渐将其主要兵力用于打击在敌后战场的八路军和新四军，而对国民党政府则采取以政治诱降为主的方针。日本侵略军集中了大部分兵力和几乎全部伪军，对中国共产党领导的敌后抗日根据地进行了残酷的“大扫荡”。抗日根据地军民开展了艰苦的斗争，坚决地进行反“扫荡”、反“蚕食”斗争，敌后战场逐渐成为抗日战争的主要战场。在日本政府的诱降下，国民政府内亲日派头子汪精卫公开投降。1940年3月，他在南京成立了伪国民政府，组织伪军，协同日本侵略军进攻抗日根据地。同时，国民党的反共倾向也日渐增长，蒋介石采取“消极抗日，积极反共”的政策，掀起了三次反共高潮，妄图消灭共产党和敌后抗日根据地。中国共产党坚持“发展进步势力，争取中间势力，孤立顽固势力”的方针，领导XX区军民一面抗击日伪军的“大扫荡”，一面打退了国民党的三次反共高潮，巩固和发展了抗日根据地。至1943年12月，日军在兵力严重不足的情况下，被迫收缩战线，华北方面军停止向抗日根据地的进攻。

第三阶段

从1944年1月XX区战场局部反攻至1945年8月日本宣布无条件投降，是战略反攻阶段。

1944年，共产党领导的敌后军民在华北、华中、华南地区，对日伪军普遍发起局部反攻。与此同时，国民党正面战场却出现了大溃败的局面，先后丧失了河南、湖南、广西、广东等省的大部分和贵州省的一部。1945年，八路军、新四军向日军发动了大规模的春、夏季攻势，扩大了XX区，打通了许多XX区之间的联系。当时，由于国民党军队主力分散在中国的西南、西北大后方地区，日军占领的的大部分城镇、交通要道和沿海地区都处在XX区军民的包围之中，因此全面反攻的任务，自然地主要由敌后抗日根据地的人民军队来进行。1945年5月，苏军攻克柏林，德军正式向盟军投降，第二次世界大战欧洲战场的战争宣告结束。1945年8月，美国军队在太平洋战场上对日作战胜利，逼近日本本土。8月6日和9日，美国在日本的广岛、长崎投掷了两颗原子弹。